Sergei Bondartšuk oli abielus kolm korda. Neli tema last said hea hariduse ja peaaegu kõik käisid suure isa jälgedes. Lavastaja pööras neile vähe tähelepanu, kuid oli uhke oma tütarde ja poegade õnnestumiste üle.
Poeg Aleksei Bondartšuk
Sergei Bondartšuk on Nõukogude ja Venemaa teatri- ja filminäitleja, filmirežissöör, stsenarist, õpetaja. Sergei Fedorovitš oli kolm korda abielus. Kõik tema lapsed toimusid üksikisikutena, said edukaks.
Režissöör kohtus oma esimese naise Evgenia Belousovaga Doni-äärses Rostovi teatrikoolis õppides. Noored abiellusid ja 1944. aastal sündis nende poeg Aleksei. Sergei Bondartšuk läks sõtta ja pärast tagasitulekut läks perekond laiali. Poeg Alexey on instituudi lõpetanud, valdas suurepäraselt inglise ja prantsuse keelt. Ta töötas õpetajana. Aleksei isiklik elu ei õnnestunud. Ta ei olnud abielus ega olnud lapsi. Kuulsa isaga ei õnnestunud tal kunagi kontakti luua.
Tütar Natalia Bondarchuk
Bondartšuk kohtus oma teise naise Inna Makarovaga filmi "Noor valvur" võtetel. Kaunis näitlejanna võlus noort režissööri. Ta elas temaga 12 aastat abielus. Inna sai lahutuse algatajaks. Ta kaotas huvi oma mehe vastu ja pakkus lahkumist ning Bondarchuk üritas perekonda viimseini päästa.
Abielus Inna Makarovaga sündis Sergei Fedorovitšil 1960. aastal tütar Natalja. Tüdruk, nagu ka tema vanem vend Aleksei, jäeti isa tähelepanust ilma. Bondartšuk kadus võtteplatsil pidevalt. Kuid pärast vanemate lahutust õnnestus Natalial säilitada suhted isaga. Ta läks tema jälgedes ja temast sai näitleja, lavastaja. Pärast filmi "Solaris" filmimist kogus Natalia populaarsust. Seejärel mängis ta palju eredaid rolle. 2009. aastal omistati talle Venemaa Föderatsiooni austatud kunstniku tiitel. Bondarchuki tütar korraldas lasteteatri "Bambi" ja osaleb aktiivselt ühiskondlikus tegevuses.
Natalia isiklik elu oli edukas. Ta abiellus režissööri Nikolai Burljajeviga, sünnitas poja Ivani ja tütre Maria. Natalial ja tema abikaasal on kaks lapselast, kelle kasvatamisel nad aktiivselt osalevad.
Tütar Elena abielust Irina Skobtsevaga
Pärast lahutust teisest naisest abiellus Sergei Fedorovitš näitleja Irina Skobtsevaga. See abielu osutus kõige pikemaks ja õnnelikumaks. See kestis suure režissööri surmani. 1962. aastal sünnitas Irina oma abikaasa tütre Elena. Tüdruku kasvatas emapoolne vanaema, kuna tema vanemad olid oma karjääriga liiga hõivatud.
Alena on tantsimisest ja balletist kiindunud juba lapsepõlvest peale. Pärast koolist lahkumist soovis ta minna oma vanemate jälgedes ja astus Moskva Kunstiteatrikooli. Elena leidis aset teatri ja kino näitlejana. Ta oli abielus teadlase-gemoloogi ja ettevõtja Vitali Krjukoviga.
Bondarchuki tütar suri 48-aastaselt. Tal on poeg Konstantin Krjukov, kes valis samuti näitleja ameti. Konstantin on loov inimene. Ta ei tegutse ainult filmides, vaid maalib ka pilte.
Poeg Fjodor Bondartšuk
1967. aastal sündis Sergei Bondarchuki neljas laps Fedor. Poisi, nagu ka tema vanem õde Alena, kasvatas vanaema. Koolis ei erinenud ta eeskujuliku käitumise poolest, ta õppis keskpärast. Ta ei saanud MGIMO-sse astuda, nii et pärast keskkooli lõpetamist läks ta õppima VGIK-i režissööri- ja tootmisosakonda.
Fjodor Bondartšuk on andekas näitleja, filmirežissöör, produtsent, showman. Ta oli oma erialal täiesti edukas. Isiklikus elus kukkus ka tema jaoks kõik väga hästi välja. Üle 25 aasta on ta olnud abielus Svetlana Bondarchukiga. Fedoril ja Svetlanal on poeg Sergei ja tütar Varvara. Sergeil õnnestus abielluda ja saada kahe võluva tüdruku isaks. Varvara tütar on eriline laps. Ta elab ja õpib välismaal.
Pärast Svetlanaga lahkuminekut hakkas Fedor kohtuma näitlejanna Paulina Andreevaga. Bondarchuk plaanis pulmi 2017. aastal, kuid pole siiani uue armukesega suhteid vormistanud. Kuulduste kohaselt peitub põhjus tema laste negatiivses suhtumises sellesse liitu. Poeg Sergei oli kategooriline ja lubas oma isaga suhtlemise lõpetada, kui ta abiellub Paulinaga. Fjodor Sergeevitš otsustas pulmad edasi lükata hetkeni, mil kõik küsimused on lahendatud ning perekonnas saabub taas rahu ja mõistmine.